Omdat zwoegerziekte een langzaam verlopende ziekte is, ontwikkelen ziekteverschijnselen zich pas na langere tijd (maanden tot jaren). De ziekte kent een longvorm (maedi) en een hersenvorm (visna). Het eerste verschijnsel is meestal vermagering ondanks een goede voeropname.

Effect op de longen
In Nederland komt de longvorm het meeste voor. Schapen met deze vorm hebben moeite met de ademhaling (ze 'zwoegen' letterlijk) door bindweefselvorming in de longen. Ze staan met een gestrekte hals, wijd openstaande neusgaten en pompende ademhaling (vaak na inspanning).

Effect op het uier
Doordat het virus zorgt voor bindweefselvorming in het uier ('vervlezing') daalt de melkproductie van besmette ooien sterk. Dit zorgt ervoor dat lammeren achterblijven in de groei doordat ze te weinig melk krijgen.

Verschijnselen bij geiten
Zwoegerziekte wordt bij geiten 'Caprine Arthritis Encephalitis' (CAE) genoemd. Het virus zorgt bij deze diersoort, naast een duidelijk verminderde melkgift door bindweefselvorming in het uier, voor gewrichtsontsteking (arthritis). Af en toe komt daarnaast bij geitenlammeren een vrij snel verlopende en dodelijke hersenontsteking (encephalitis) voor.